Заменить кусок кода во всех файлах на сервере

Обязано помогать. Если Вы еще в каком-то файле эту настройку не перекрыли.

Что показывает phpinfo()?

man find

man sed

Что-то в духе

sed -i 's/^<?$/<?php/g' *.php

PHP/5.3.8

short_open_tag On On

Значит не поменял

Меняй или попроси того, кто знает как

short tag это ещё что... Потом всё разукрасится "Deprecated".

=)) то ли ещё будет

Я думаю, что лучше откатиться назад, на 5.2

Для обработки огромного количества файлов очень удобна программка Textpipe. Множество типовых задач уже встроено, а все остальные решаются регулярными выражениями

find dir -name *.php |xargs -I% sh -c 'mv % %.bak && cat %.bak |sed -e "s/^<?$/<?php/" >%'

код оставляет после себя бэкапы с расширением .bak

Через grep + sed удобно, причем sed сам может создавать резервные копии.

Но возможно действительно имеет смысл откатится до 5.2.17 и далее поэтапно перетаскивать сайты на 5.3, т.к. как верно уже отметили там будет много deprecated, плюс в 5.3 новый драйвер для работы с mysql используется, не покатят старые конструкции.

что конкретно имеется ввиду? апи не изменилось

И, кажется, mysqlnd нигде в дистрибутивах еще не собирают.