Региональная выдача

без галки может попасть и не Московский сайт, а с галкой только Московские

это не объясняет того. что 10 московских сайтов стоят в топ 10 в обоих случаях на разных позициях.

Это говорит о том, что "региональная релевантность" с галкой и без различны, так как поиск с галкой означает поиск только в Москве, если без галки - то не только в Москве. Если контора продает товар только в Москве - то и она будет "релевантней" для галки "в Москве". Если же мне не важно (например, есть доставка в мой город), то я и галку не буду ставить...

Просто вы взяли московский регион, где трудно судить о релевантности, так как 80% сайтов с регионом Москва. Проведите анализ среднего региона увидите разницу.

Вопрос заключается не в том КАКИЕ сайты фигурируют в выдаче, а в том на каких ПОЗИЦИЯХ. в обоих выдачах московские сайты. Меня интересует почему они стоят на разных позициях

Потому, что Яндекс считает, что запрос с уточнением региона и запрос без уточнения региона - должен рассчитываться по разным алгоритмам. Разные алгоритмы - значит разная выдача, например сайт по одному алгоритму может быть на первом месте, по другому алгоритму за пределами 10-ки. Почему яндекс считает, что должны быть разные алгоритмы - смотрите пост выше.

Вы привели примеры для сайтов, отличающихся друг о друга по региональному критерию. Солгласен, что алгоритмы разные, но, если предположить, что в Яше 100% сайтов привяаны к Москве, то с галкой или без по логике должна быть одинаковя выдача, а это не так. У меня сайт без галки в топ-5 по ВЧ запросу,а с -после 20 идет, хотя даже адрес московский прописан и указывается в сниппете.

Ну в том то и дело, что если бы регион был один как 6 лет назад, то и галка ненужна. А так как регионов много то и нужны дополнительные алгоритмы.

Если на примере, есть сайт www.avalonmebel.ru у него вроде 6 регионов и в каждом есть телефон и адрес в яндекс организациях и в выдаче также разные адреса для разных городов. Но проблема в том, что основной офис в Москве, а например в Екатеринбурге есть представительство, но это представительство небольшое и есть другая контора поменьше в целом, но с большим главным офисом в Екатеринбурге, который нацелен именно на этот город, соответственно при постановки галки, Яндекс считает (вполне справедливо), что для пользователя будет удобней обратиться именно в ту компанию, главный офис которой находиться в его городе. Если же галку не ставить, то пользователю не принципиально в каком городе находится главный офис компании. То же самое с Москвой, у конторы может быть как один главный офис, так и представительство (а главный к примеру в Питере), соответственно в разных алгоритмах - разная выдача.